《图书馆的女朋友》5 - 6集动漫版结局为开放式结局，男女主角情感线与主线谜团均未彻底收束，但留下复苏与时间循环的伏笔。具体内容如下：
第五集以女主角发现家族秘密为核心展开。她通过古籍确认母亲曾是图书室管理员，且母亲失踪与“空间裂缝”传说相关。男配角（图书室幽灵）的真实身份揭晓，是母亲为保护女儿留下的守护灵。情感线方面，女主角与男主角经历多次误解和冲突后达成一定理解，但矛盾未彻底消除，为第六集冲突埋下伏笔。例如，男主角对女主角冒险行为的不满，以及女主角对男主角隐瞒真相的质疑，均暗示后续剧情将围绕信任与牺牲展开。
第六集反派（前任管理员）试图破坏封印，男女主角联手启动阵法。男主角因灵力耗尽几乎消散，女主角以自身一半寿命为代价，通过禁忌之术将其实体化，但代价是男主角失去所有记忆。三个月后的毕业典礼成为关键场景：已成为普通人的男主角在樱花树下递给女主角一本空白笔记本，两人手指触碰时他无意识地念出初遇台词，暗示记忆可能逐渐复苏。最后一幕定格在图书室窗户上浮现的女主角母亲微笑的倒影，强化了时间闭环与未解谜团的氛围。
结局通过细节呼应增强连贯性：第1集破损书架在第6集成为阵法核心；女主角发饰实为母亲留下的护身符，最终成为施术媒介；片尾曲后10秒静默画面显示图书室监控录像时间戳循环在母亲失踪日期，暗示时间闭环与母亲失踪事件的关联性。此外，动画结局为原创改编，与原著小说第3卷内容存在差异：小说中男主角彻底消失，女主角继承图书室；而动画通过光影变化和分镜语言强化开放式结局的留白效果，为观众留下想象空间。
