古茗奶茶偷逃税超过2000万是通过我国税务部门的税务稽查程序被发现的。具体原因如下：
税务审核机制：税务部门有一套完善的税务审核机制，定期对各类企业进行税务检查。这种检查包括对企业的财务报表、会计凭证、银行账户等进行全面审查，从而发现数据不一致、报表不合理等问题，这些问题可能就是企业偷逃税的线索。
专业稽查队伍：税务部门拥有一支专业的税务稽查队伍，他们具备丰富的税务知识和稽查经验。一旦发现企业可能存在偷逃税的行为，稽查人员就会立即展开深入调查，通过对比分析、逻辑推理等方式，逐步揭示出企业偷逃税的事实和证据。
大数据分析和信息共享：税务部门还通过信息共享、大数据分析等方式，加强与其他部门的合作，提高税务稽查的效率和准确性。例如，与工商部门、银行等部门共享企业信息，通过对企业资金流、物流、信息流等的综合分析，更准确地判断企业是否存在偷逃税的行为。
在古茗奶茶的案例中，税务部门通过上述方式发现了其税务申报的异常，并进一步深入调查，确认了其通过虚报成本、隐瞒收入等方式偷逃税款的行为。最终，税务部门依法对古茗奶茶进行了处罚，并要求其补缴偷逃的税款和滞纳金。
