《倾世皇妃》中马馥雅怀的孩子是祈佑的。
具体情节如下：
怀孕事件：在剧中，马馥雅怀孕的消息是由太医诊断得出的。尽管皇上（祈佑）与馥雅并没有实际的夫妻行为，但由于太医被马湘云收买，故意谎称馥雅害喜，使得这一消息得以传播。后来，连曦也为馥雅把脉，确认了这一喜讯。
太医之死：皇上得知馥雅怀孕后非常意外，因为两人并未有夫妻之实。为了掩盖这一事实，皇上将太医杀害，以防止太后和其他人得知真相。
孩子的命运：马馥雅在回到祈佑身边后安心养胎，然而在一次陷害事件中，祈佑因生气推了马馥雅一把，导致孩子流产。这一事件进一步加剧了两人之间的纠葛和悲剧色彩。
综上所述，《倾世皇妃》中马馥雅怀的孩子确实是祈佑的，尽管这一事实在剧中经历了诸多波折和误解。
